1953 yılında Adapazarı'nda doğdu. 1975 yılında Atatürk Üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünü bitirdikte sonra aynı bölümde Doktorasını tamamladı. Fakülte'yi bitirdikten sonra İstanbul'da öğretmenlik, Atatürk Üniversitesinde asistanlık yaptı.1981 yılında Milli Eğitim Bakanlığı aracılığı ile Belgrad Üniversitesi Filoloji Fakültesi Doğu Dilleri Bölümüne öğretim elemanı olarak gönderildi. 1983 yılına kadar burada görev yaptı. Aynı yıl yardımcı doçent tayin edildi ve yurda dönüşünden sonra Atatürk Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde öğretim üyesi olarak çalıştı. 1988 yılında Milli Eğitim Bakanlığı'nda müşavir olarak görevlendirildi. Aynı yıl, doçent oldu ve 1989 yılında Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü'ne doçent olarak atandı. Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Dekan yardımcılığı ve Gazi Üniversitesi Türkçe Öğrenim Uygulama ve Araştırma Merkezi Başkanlığı (G.Ü. TÖMER) yaptı.1994 yılında Profesör oldu. Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde müdürlük, Gazi Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde Bölüm Başkanlığı yaptı. Ardından Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi dekanı oldu (1997). 2000 yılında Başkent Üniversitesi'ne geçti ve burada Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünü kurdu.
17 Aralık 2002 tarihinde Kültür Bakanlığı Müsteşarlığına atandı. Kültür ve Turizm Bakanlıklarının birleşmesi sonucu 17.6.2003 tarihinde Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarlığına tayin edildi.
2007 yılında Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreterliğine atandı. 17 Aralık 2009 tarihinde Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreterliği yanı sıra, Yükseköğretim Kurulu Üyeliğine seçildi.
Prof. Dr. İsen'in Türk Edebiyatı ve Balkanlarda Türk kültürü ile ilgili yayınlanmış çok sayıda çalışması bulunmaktadır.
İngilizce bilen Prof. Dr. Mustafa İsen, evli ve üç çocuk babasıdır.